知行编程网知行编程网  2022-07-26 20:00 知行编程网 隐藏边栏 |   抢沙发  248 
文章评分 0 次,平均分 0.0

Pytorch 翻车记录:单卡改多卡踩坑记!

作者 | 哟林小平

转自 | 夕小瑶的卖萌屋

先说明一下背景,目前正在魔改以下这篇论文的代码:

https://github.com/QipengGuo/GraphWriter-DGLgithub.com

由于每次完成实验需要5个小时(baseline),自己的模型需要更久(2倍),非常不利于调参和发现问题,所以开始尝试使用多卡加速。

torch.nn.DataParallel ==> 简称 DP

torch.nn.parallel.DistributedDataParallel ==> 简称DDP

一开始采用dp试图加速,结果因为dgl的实现(每个batch的点都会打包进一个batch,从而不可分割),而torch.nn.DataParallel的实现是把一个batch切分成更小,再加上他的加速性能也不如ddp,所以我开始尝试魔改成ddp。

另外,作者在实现Sampler的时候是继承了torch.utils.data.Sampler这个类的,目的在于agenda数据集的文本长度严重不均衡,如下:

Pytorch 翻车记录:单卡改多卡踩坑记!

为了让模型更快train完,把长度相近的文本打包成一个batch(温馨提醒,torchtext也有相关的类 bucketiterator[1],大概形式如下:

这是背景。

写bug第一步:继承DistributedSampler的漏洞百出


我一开始理想当然的把作者的sampler源码crtl-cv下来,唯独只改动了这里:

随后就发现了几个问题:

  • dataloader不会发包;
  • dataloader给每个进程发的是完整的数据,按武德来说,应该是1/n的数据,n为你设置的gpu数量;

然后我就开始看起了源码[2],很快啊:

这里最关键的问题是是什么呢?首先在torch.utils.data.distributed.DistributedSampler里面,数据集的变量叫self.dataset而不是data_source;其次和torch.utils.data.Sampler要求你_重写__iter__函数不同:

DistributedSampler这个父类里有部分实现,如果你没有考虑到这部分,就自然会出现每个进程拿到的数据都是all的情况。

于是我重写了我的DDPBaseBucketSampler类:

后面每个进程终于可以跑属于自己的数据了(1/n,n=进程数量=GPU数量,单机)

紧接着问题又来了,我发现训练过程正常结束后,主进程无法退出mp.spawn()函数。

写bug第二步,master进程无法正常结束

 

number workers ddp pytorch下无法正常结束。具体表现为,mp.spawn传递的函数参数可以顺利运行完,但是master进程一直占着卡,不退出。一开始我怀疑是sampler函数的分发batch的机制导致的,什么意思呢?就是由于每个进程拿到的数据不一样,各自进程执行sampler类的时候,由于我规定了长度接近的文本打包在一起,所以可能master进程有一百个iter,slave只有80个,然后我马上试了一下,很快啊:

Pytorch 翻车记录:单卡改多卡踩坑记!
▲DDPBucketSampler(torch.utils.data.distributed.DistributedSampler)类迭代函数__iter__

Pytorch 翻车记录:单卡改多卡踩坑记!

▲都能够正常打印,证明__iter__函数没有问题

发现只有细微的差别,并且,程序最后都越过了这些print,应该不会是batch数量不一致导致的问题。(顺便指的一提的是,sampler在很早的时候就把batch打包好了)

加了摧毁进程,也于事无补

然后只能点击强制退出

代码参考:基于Python初探Linux下的僵尸进程和孤儿进程(三)[3]、 Multiprocessing in python blocked[4]

很显然是pytorch master进程产生死锁了,变成了僵尸进程。

再探究,发现当我把dataloader的number workers设为0的时候,程序可以正常结束。经过我的注释大法后我发现,哪怕我把for _i , batch in enumerate(dataloader)内的代码全部注释改为pass,程序还是会出现master无法正常结束的情况。所以问题锁定在dataloader身上。参考:nero:PyTorch DataLoader初探[5]

另外一种想法是,mp.spawn出现了问题。使用此方式启动的进程,只会执行和 target 参数或者 run() 方法相关的代码。Windows 平台只能使用此方法,事实上该平台默认使用的也是该启动方式。相比其他两种方式,此方式启动进程的效率最低。参考:Python设置进程启动的3种方式[6]

现在试一下,绕开mp.spawn函数,用shell脚本实现ddp,能不能不报错:

参数解释:

  • nnodes:因为是单机多卡,所以设为1,显然node_rank 只能是0了
  • local_rank:进程在运行的时候,会利用args插入local_rank这个参数标识进程序号

一番改动后,发现问题有所好转,最直观的感受是速度快了非常多!!现在我没有父进程的问题了,但还是在运行完所有的程序后,无法正常结束:

Pytorch 翻车记录:单卡改多卡踩坑记!

此时我的代码运行到:

Pytorch 翻车记录:单卡改多卡踩坑记!

上面的代码是main函数,2个进程(master,salve)都可以越过barrier,其中slave顺利结束,但是master却迟迟不见踪影:

Pytorch 翻车记录:单卡改多卡踩坑记!

这个时候ctrl+c终止,发现:

Pytorch 翻车记录:单卡改多卡踩坑记!

顺着报错路径去torch/distributed/launch.py, line 239找代码:

可恶,master和dataloader到底有什么关系哇。。

这个问题终于在昨天(2020/12/22)被解决了,说来也好笑,左手是graphwriter的ddp实现,无法正常退出,右手是minst的ddp最小例程,可以正常退出,于是我开始了删减大法。替换了数据集,model,然后让dataloader空转,都没有发现问题,最后一步步逼近,知道我把自己的代码这一行注释掉以后,终于可以正常结束了:

为什么我当时会加上这句话呢?因为当时在调试number worker的时候(当时年轻,以为越大越好,所以设置成了number workers = cpu.count()),发现系统报错,说超出了打开文件的最大数量限制。在torch.multiprocessing的设定里,共享策略(参考pytorch中文文档[7])默认是File descriptor,此策略将使用文件描述符作为共享内存句柄。当存储被移动到共享内存中,一个由<span style="font-size: 16px;">shm_open</span>获得的文件描述符被缓存。当时,文档还提到:

如果你的系统对打开的文件描述符数量有限制,并且无法提高,你应该使用<span style="font-size: 16px;">file_system</span>策略。

所以我换成了torch.multiprocessing.set_sharing_strategy('file_system'),但是却忽略文档里的共享内存泄露警告。显然,或许这不是严重的问题,文档里提到:

Pytorch 翻车记录:单卡改多卡踩坑记!

也有可能我所说的master进程就是这个torch_shm_manager,因为destory进程组始终无法结束0号进程:

Pytorch 翻车记录:单卡改多卡踩坑记!

这个BUG结束了,真开心,期待下一个BUG快快到来。

Pytorch 翻车记录:单卡改多卡踩坑记!


 Pytorch 翻车记录:单卡改多卡踩坑记!

[1]bucketiterator (https://pytorch.org/text/stable/data.html#bucketiterator)

[2]源码(https://github.com/pytorch/pytorch/blob/master/torch/utils/data/distributed.py)

[3]基于Python初探Linux下的僵尸进程和孤儿进程(三)(http://dwz.date/dUmd)

[4]Multiprocessing in python blocked  (https://stackoverflow.com/questions/13649625/multiprocessing-in-python-blocked)

[5]nero:PyTorch DataLoader初探 (https://zhuanlan.zhihu.com/p/91521705)

[6]Python设置进程启动的3种方式 (http://c.biancheng.net/view/2633.html)

[7]pytorch中文文档 (https://pytorch-cn.readthedocs.io/zh/latest/package_references/torch-multiprocessing/)

<pre><section style="letter-spacing: 0.544px;white-space: normal;font-family: -apple-system-font, system-ui, "Helvetica Neue", "PingFang SC", "Hiragino Sans GB", "Microsoft YaHei UI", "Microsoft YaHei", Arial, sans-serif;"><section powered-by="xiumi.us"><section style="margin-top: 15px;margin-bottom: 25px;opacity: 0.8;"><section><section style="letter-spacing: 0.544px;"><section powered-by="xiumi.us"><section style="margin-top: 15px;margin-bottom: 25px;opacity: 0.8;"><section><section style="margin-bottom: 15px;padding-right: 0em;padding-left: 0em;color: rgb(127, 127, 127);font-size: 12px;font-family: sans-serif;line-height: 25.5938px;letter-spacing: 3px;text-align: center;"><span style="color: rgb(0, 0, 0);"><strong><span style="font-size: 16px;font-family: 微软雅黑;caret-color: red;">为您推荐</span></strong></span></section><p style="margin: 5px 16px;padding-right: 0em;padding-left: 0em;font-family: sans-serif;letter-spacing: 0px;opacity: 0.8;line-height: normal;text-align: center;">一个算法工程师的日常是怎样的?</p><p style="margin: 5px 16px;padding-right: 0em;padding-left: 0em;font-family: sans-serif;letter-spacing: 0px;opacity: 0.8;line-height: normal;text-align: center;">彻底搞懂机器学习中的正则化<br  /></p><section style="margin-top: 5px;margin-bottom: 5px;padding-right: 0em;padding-left: 0em;min-height: 1em;font-family: sans-serif;letter-spacing: 0px;opacity: 0.8;line-height: normal;text-align: center;"><span style="font-size: 14px;">13个算法工程师必须掌握的PyTorch Tricks</span></section><section style="margin-top: 5px;margin-bottom: 5px;padding-right: 0em;padding-left: 0em;min-height: 1em;font-family: sans-serif;letter-spacing: 0px;opacity: 0.8;line-height: normal;text-align: center;"><span style="font-size: 14px;">吴恩达上新:生成对抗网络(GAN)专项课程</span></section><section style="margin-top: 5px;margin-bottom: 5px;padding-right: 0em;padding-left: 0em;min-height: 1em;font-family: sans-serif;letter-spacing: 0px;opacity: 0.8;line-height: normal;text-align: center;">从SGD到NadaMax,十种优化算法原理及实现</section></section></section></section></section></section></section></section></section>

Pytorch 翻车记录:单卡改多卡踩坑记!

本篇文章来源于: 深度学习这件小事

本文为原创文章,版权归所有,欢迎分享本文,转载请保留出处!

知行编程网
知行编程网 关注:1    粉丝:1
这个人很懒,什么都没写

发表评论

表情 格式 链接 私密 签到
扫一扫二维码分享